Pengaturan sistem board untuk Gigabyte GA-P35-DQ6 dapat diatur dengan sistem BIOS setup. FSB procesor, multiplier memory dan procesor , tweak VGA, kecepatan PCIe dan kecepatan memory terdapat pada sistem BIOS. Untuk FSB procesor pada Gigabyte GA-P35-DQ6 sama seperti tipe P965-DQ6 dengan peak speed 700Mhz.

Bila anda ingin melakukan overclocking dengan Gigabyte GA-P35-DQ6 cukup disetup pada setting auto karena lebih memudahkan. Untuk tweak FSB procesor dari 266Mhz dapat lansung dipacu mencapai 333Mhz atau bahkan 366Mhz dengan mengandalkan setting auto. Bila kecepatan yang ingin didapat lebih tinggi lagi, sebaiknya memilih untuk mengunakan setting manual pada BIOS.

Perbedaan dari Gigabyte GA-P35-DQ6 dengan model lebih rendah terletak pada sistem multiplier memory. Gigabyte GA-P35-DQ6 memiliki pilihan dengan rentang sedikit lebih besar dari setting multiplier memory 2X sampai 4X. Gigabyte GA-P35-DQ6 akan memudahkan bagi mereka yang ingin meng-upgrade computer tetapi masih ingin mempertahankan memory berkecepatan rendah. Atau pilihan tertinggi dengan speed mutliplier 4X, maka anda dapat memacu memory diatas kecepatan 1066Mhz dengan DDR PC8500.

Gigabyte GA-P35-DQ6 dapat melakukan tweak secara otomatis bila hardware yang dipasangkan memiliki performa tinggi. Pilihan pada Performance Enhance dapat meningkatkan performa mainboard dengan setup Turbo atau Extreme. Tetapi untuk setting tweak ini diperluhkan hardware premium untuk mengimbangi kinerja mainboard.